Mikrobiota jelitowa  to wszystkie mikroorganizmy, które występują w jelicie.  U niemowląt mikroflora bakteryjna musi najpierw zasiedlić się w jelitach,  a dopiero później rozwinąć. Badania wskazują, że proces zasiedlania jelit rozpoczyna się już w łonie matki. Mikrobiota bakteryjna jelit niemowlęcia zmienia się z upływem czasu, a jej prawidłowy skład jest  jest fundamentem zdrowia.

Dobre bakterie jelitowe (takie jak bifidobakterie czy Lactobacillus ) spełniają ważną rolę w zwalczaniu bakterii chorobotwórczych, co zapobiega  powstawaniu infekcji. Ponadto mikrobiota wspiera rozwój układu odpornościowego, który jest jeszcze niedojrzały w chwili urodzenia.