Mikrobiota jelitowa to wszystkie mikroorganizmy, które występują w jelicie. U niemowląt mikroflora bakteryjna musi najpierw zasiedlić się w jelitach, a dopiero później rozwinąć. Badania wskazują, że proces zasiedlania jelit rozpoczyna się już w łonie matki. Mikrobiota bakteryjna jelit niemowlęcia zmienia się z upływem czasu, a jej prawidłowy skład jest jest fundamentem zdrowia.
Dobre bakterie jelitowe (takie jak bifidobakterie czy Lactobacillus ) spełniają ważną rolę w zwalczaniu bakterii chorobotwórczych, co zapobiega powstawaniu infekcji. Ponadto mikrobiota wspiera rozwój układu odpornościowego, który jest jeszcze niedojrzały w chwili urodzenia.